مجلس أكاديمية التفكير للدراسات العليا هو الهيئة العليا لبحث شؤون الأكاديمية ووضع سياساتها، وهو المسؤول عن الإشراف على برامج الدراسة العليا التابعة للأكاديمية، وعن تقويم هذه البرامج والتنسيق فيما بينها والمراجعة الدائمة لها.
يتكون المجلس من:
عميد أكاديمية الدراسات العليا (رئيساً).
رؤساء الأقسام بحكم وظائفهم الأكاديمية.
ما لا يزيد على ثلاثة من أعضاء هيئة التدريس من أعضاء الأكاديمية، يسميهم عميد الأكاديمية بناءً على ترشيح من رؤساء أقسامهم.
ما لا يزيد على ثلاثة أعضاء من خارج الأكاديمية، يسميهم رئيس جمعية التفكير الإستراتيجي مع عميد أكاديمية الدراسات العليا، ويعتمدهم مجلس الأكاديمية.
يصدر قرار يوقعه عميد الأكاديمية ورئيس جمعية التفكير الإستراتيجي بتشكيل مجلس أكاديمية التفكير للدراسات العليا.
