أكاديمية التفكير للدراسات العليا جزء من كل، تتكامل فيه مع الكليات والوحدات الأخرى المثيلة لها، فإن علاقتها مع تلك المؤسسات تسير في الإطار الآتي:
- تعد العلاقة بين برامج الدراسات العليا والأقسام العلمية الأخرى علاقة عضوية تخضع لمعايير التعاون والتنسيق الأكاديمي، في إطار استقلالية إدارية تخضع أسس التعامل داخل البرامج إلى لائحة كتنسيق الإجراءات والعلاقات الخاصة الدراسات العليا.
- مع وحدة الهدف والمنهج، فإن العلاقة بين أكاديمية التفكير للدراسات العليا والمراكز ذات المرامي والمهام المشتركة تحددها متطلبات تحقيق أهداف كل منها من خلال وثائق تعاون يقرها الطرفان وتعتمدها الإدارة المعنية كل الطرفين.